Sau khi được tự do, Knox đến tị nạn tại Anh. Dù theo đuổi lập trường trung dung, cuộc cải cách tôn giáo ở Anh cũng đã tách khỏi ảnh hưởng của Rôma.[30] Tổng Giám mục Canterbury, Thomas Cranmer, và nhiếp chính cho Vua Edward VI, Edward Seymour, Công tước Somerset, đều có lập trường dứt khoát theo Kháng Cách, mặc dù còn nhiều việc phải làm để có thể truyền tải tư tưởng cải cách đến giới tăng lữ và dân chúng.[31][32] Ngày 7 tháng 4 năm 1549, Knox được phép hoạt động trong Giáo hội Anh. Sứ mạng đầu tiên của ông là ở Berwick. Ông buộc phải sử dụng Kinh Cầu nguyện chung vừa mới được ban hành, đây là bản dịch tiếng Anh từ nghi thức Latin vẫn chưa được thay đổi. Vì vậy, Knox tìm cách chỉnh sửa theo khynh hướng Kháng Cách. Tại giáo sở mới, Knox giảng dạy các giáo lý Kháng Cách với sức thuyết phục lớn, và giáo đoàn bắt đầu phát triển.[32][33]

Tại Anh, Knox gặp người vợ tương lai của mình, Marjorie Bowes. Cha của Bowes, Richard, là em trai của Sir Robert Bowes, hậu duệ của một gia tộc lâu đời ở Durham, và mẹ, Elizabeth, người thừa kế của một gia đình ở Yorkshire.

Cuối năm 1550, Knox được bổ nhiệm làm diễn giả cho Nhà thờ St Nicholas ở Newcastle. Năm sau, ông trở thành một trong sáu tuyên úy hoàng gia phục vụ nhà vua. Ngày 16 tháng 10 năm 1551, John Dudley, Công tước Northumberland lật đổ Edward Seymour lên nắm quyền nhiếp chính. Trong một bài giảng vào ngày Lễ Các Thánh Knox chỉ trích cuộc chính biến. Khi đến thăm Newcastle vào tháng 6 năm 1552 và nghe Knox thuyết giảng, mặc dù có cảm giác lẫn lộn về nhà thuyết giáo nóng cháy này, Dudley xem Knox là một tài năng tiềm ẩn, và Knox được triệu về Luân Đôn để thuyết giảng trong triều. Dudley, xem Knox như là một nhân tố hữu dụng trong chính trị, đề nghị chức vụ giám mục Rochester, nhưng Knox từ chối và quay về Newcastle. Ngày 12 tháng 4 năm 1553, ông có cơ hội lần cuối thuyết giảng trước Vua Edward VI tại Điện Westminster. Ngày 6 tháng 7, Knox đến Luân Đôn lúc nhà vua băng hà. Mary Tudor lên ngôi và nỗ lực phục hồi Công giáo Rôma. Những người Kháng Cách như Thomas Cranmer, Nicholas Ridley, và Hugh Latimer đều bị tống giam trong Tháp Luân Đôn.[34] Theo lời khuyên của bạn hữu, tháng 1 năm 1554 Knox rời nước Anh.[35]